Elf oder zwölf Teams aus der zweiten Liga ziehen in die zweite Hauptrunde ein. Je nachdem wie das abgebrochene Spiel zwischen VfL Osnabrück (3. Liga) und RB Leipzig gewertet wird. Der DFB würde das Spiel mit einem 2:0-Sieg für Leipzig werten, nachdem das Spiel in der 71. Minute abgebrochen wurde, weil der Schiedsrichter von einem Wurfgegenstand getroffen wurde. Doch Leipzig bietet eine Wiederholungsspiel an.
Neben sechs bis sieben Clubs aus der 2. Bundesliga blieben auch drei Bundesligisten auf der Strecke: Der Hamburger SV scheiterte an Carl Zeiss Jena, der FC Ingolstadt gab sich gegen Unterhaching geschlagen und Hoffenheim verabschiedete sich bei 1860 München.
Aus der zweiten Liga nicht mehr dabei sind: Union Berlin (aus gegen Viktoria Köln), Duisburg (aus gegen Schalke), Greuther Fürth (aus gegen Erzgebirge Aue), Karlsruhe (aus gegen Reutlingen), Armina Bielefeld (aus gegen Hertha Berlin) und St. Pauli (aus gegen Mönchengladbach).
Beim vergangenen DFB-Pokal schafften ebenfalls zwölf Clubs aus der 2. Bundesliga den Einzug in die zweite Hauptrunde. Die Begegnungen der 2. Hauptrunde werden am 14. August ausgelost und am 27. und 28. Oktober ausgetragen.